Bottenvikens havsområden och nationalparker tillhör HaparandaTornios främsta naturskatter. Bottenvikens nationalpark på finska sidan har en areal på 15 700 hektar varav 250 hektar är land. Haparanda skärgårds nationalpark på den svenska sidan omfattar 6000 hektar, varav 700 hektar är land och de störstac öarna är Sandskär och Seskar-Furö.